Congé de maladie

Temps de lecture 4 min. | Mise à jour le 13 février 2026.

Sommaire

1 - Références réglementaires

Code général de la fonction publique. Livre VIII. Titre II. Chapitre II. Sections 1 à 3 et 6. Articles L. 822-1 à L. 822-17 et L. 822-27 à L. 822-30
Article 115 de la loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017(lien externe) de finances pour 2018 modifié par la loi 2023-1250 du 26 décembre 2023(lien externe) relatif à la journée de carence
Décret n° 86-83 du 17 janvier 1986(lien externe) relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l’État pris pour l’application de l’article 7 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l’État. Articles 12 et 13
décret 2010-997(lien externe) relatif au maintien des primes et indemnités dans certaines situations de congés modifié par décret n°2024-641 du 27 juin 2024(lien externe)
Décret 2014-1133(lien externe) relatif aux contrôles des arrêts maladie.
Circulaire du 20/04/2015(lien externe) relative aux délais de transmission des arrêts maladie.
circulaire ministérielle CPAF1802864C du 15 février 2018(lien externe) relative au non versement de la rémunération au titre du 1er jour de congé de maladie des agents publics civils et militaires.

2 - Objet

En cas de maladie attestée par un certificat médical le mettant dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, le fonctionnaire (stagiaire ou titulaire) a droit à des congés de maladie dits congé de maladie (auparavant appelés « ordinaire »). Le secret médical est opposable aux fonctionnaires qui ont en charge le traitement du dossier de l’agent.

Toutefois, dès lors que les fonctionnaires en charge du traitement administratif du dossier ont connaissance d’éléments à caractère médical, ceux-ci sont soumis au secret professionnel.

Par ailleurs, la révélation d’informations médicales par ces fonctionnaires est punie, aux termes de l’article L.226-13 du Code Pénal(lien externe), de 1 an d’emprisonnement et d’une amende pouvant aller jusqu’à 15 000 euros.

3 - mise en œuvre

Pour obtenir un congé de maladie ou son renouvellement, le fonctionnaire doit adresser à son administration un avis d’arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.

L’intéressé doit avertir son chef de service dès que possible. Cet arrêt doit être transmis dans les 48 heures, le cachet de la poste faisant foi. L’intéressé doit adresser à son administration les volets n°2 et 3 et conserver le volet n°1 comportant des données médicales confidentielles. Ce volet n° 1 doit être présenté au médecin agréé de l’administration, en cas de contre-visite ou de tout autre examen médical.

4 - Durée

La durée totale des congés de maladie peut atteindre 1 an, pendant une période de 12 mois consécutifs (année médicale). L’année médicale est mobile et s’apprécie de date à date.

Tous les jours calendaires sont pris en compte. Dès que l’absence est supérieure à 6 mois consécutifs, le fonctionnaire est obligatoirement soumis à un examen de contrôle par un médecin agréé, au moins 1 fois.

5 - Conséquences

Le jour de carence a été rétabli et prive le fonctionnaire de rémunération la première journée de l’arrêt de travail. Le fonctionnaire conserve l’intégralité de son traitement, primes et indemnités comprises, pendant une période maximale de 89 jours, ce traitement étant réduit de moitié pendant la période suivante, d’une durée maximale de 270 jours.

Si au cours de cette même période deux jours de délai de carence ont été appliqués, le passage à demi-traitement s’opérera après 88 jours.

Chaque nouvel arrêt de travail initial se voit appliquer un jour de carence non rémunéré. Ce délai de carence ne s’applique pas au Congé Longue Maladie, au Congé Grave Maladie et au Congé Longue Durée.

Depuis un courrier du 22 mars 2011 du directeur de la Fonction publique, les chefs de services doivent accorder automatiquement le report du congé annuel restant dû au titre de l’année écoulée à l’agent qui, du fait d’un des congés de maladie n’a pu prendre tout ou partie dudit congé au terme de la période de référence.

Il est également possible, pour les détenteurs d’un CET, de transférer ces jours sur celui-ci. Le temps du congé maladie est assimilé à du temps travaillé et ouvre les mêmes droits en matière d’avancement, de pensions.

6 - Fin du congé

À l’issue de son congé de maladie (ou de son renouvellement), le fonctionnaire réintègre son emploi. Lorsque l’intéressé a obtenu pendant une période de 12 mois consécutifs des congés de maladie d’une durée totale de 12 mois, sa reprise de fonctions est soumise à l’avis favorable du conseil médical en formation restreinte.

En cas d’avis défavorable, il est soit :

mis en disponibilité d’office, si le conseil médical juge que l’état de santé va évoluer favorablement.
reclassé dans un autre emploi,
reconnu définitivement inapte à l’exercice de tout emploi et admis à la retraite pour invalidité après avis du conseil médical ou licencié, s’il n’a pas droit à pension.
le fonctionnaire qui, à l’expiration de son congé de maladie, refuse sans motif valable lié à son état de santé, le ou les postes qui lui sont proposés, peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire (CAPN).